Rudolf főherceg, Ferenc József császár és Erzsébet királyné fia 1889. január 30.-án, 150 éve halt meg a mayerlingi vadászkastélyban. Halála mai napig kérdéseket vet fel, hogy öngyilkosság, vagy gyilkosság áldozata lett. Ferenc József családjában nem ez volt az egyetlen tragédia a császár élete során.
Rudolf édesanyjához hasonló szabadszellemű, liberális, édesapjával ellentétes módon gondolkodó fiatal volt. Rudolf álnéven a Neues Wiener Tagblatt nevű lapba is publikálta nézeteit, a titkosrendőrség folyamatos megfigyelés alatt tartotta. Depresszióra hajlamos természete volt. 1881-ben Stefániával kötött házassága nem volt boldog, folyamatosan fenntartott szeretői viszonyai miatt Rudolf nemi betegséget kapott, amivel feleségét is megfertőzte. Emiatt Stefánia meddő lett. Rudolf már 1889-ben öngyilkos akart lenni. Akkor Mitzi Kaspar nevű prostituálttal szerette volna ezt elkövetni, aki viszont nem akart részt venni benne. A 18 éves Vetsera Máriával 1888 őszén kezdődött a viszonyuk, aminek vége az 1889-es tragédia lett. Január 28-án Rudolf összeveszett az apjával, mert levelet akart írni XIII. Leó pápának, hogy érvénytelenítsék házasságát Stefániával. Apja megtiltotta ezt, és felszólította Vetserával való kapcsolatának befejezésére. Másnap Rudolf és szeretője Mayerlingbe utaztak. Már a rákövetkező nap a trónörökös vissza akart térni Bécsbe, erre vonatkozó előkészületekre utasította komornyikját. Reggel viszont már csak a két holttestet találták meg. A halálukkal kapcsolatban számos feltételezés keletkezett. Miután a komornyik és a Mayerlingben tartózkodók nem halottak puskalövést, voltak akik szerint mérgezés történt. A Rudolf fején tátongó hatalmas seb miatt, többen úgy vélték, a trónörököst agyonverték. 1992-ben egy vállalkozó, aki magát mayerlingi kutatónak tartotta, ellopta Vetsera Mária testét. A test megtalálása után vizsgálatokat végeztek rajta. Eszerint Máriát lelőtték, de nem lett öngyilkos. A különféle teóriák szerint apja ölette meg fiát, vannak akik szerint a francia ellenállók támogatása miatt ölték meg az osztrák állambiztonságiak, és ennek ellentéte is felröppent, miszerint Rudolf a francia puccs támogatásától visszahőkölt, emiatt ölték meg a franciák. Természetesen a megrendezett halál is a feltételezések között szerepelt. 2015-ben egy osztrák bankból előkerült Vetsera Mária négy búcsúlevele, amiben a Rudolf iránti szerelmet jelöli meg öngyilkosságuk okaként. Nem tudni hitelesek-e a levelek, mindenesetre Mária születési anyakönyvi kivonata is a széfben volt. A dokumentumokat 1926-ban helyeztek el a bankban.
Nem Rudolf volt Ferenc József egyetlen gyermeke aki meghalt. Négy gyermeke közül az első, Zsófia Friderika két évesen tífuszban hunyt el. Egyéb tragédiák is történtek Habsburg családban Ferenc József élete során. A császár testvérét, Miksát Mexikóban végezték ki. A köztársaság hívei és a monarchisták közötti konfliktus eredményeként 1867. június 17-én golyó általi halálra ítélték, 34 éves korában. Felesége, Sarolta elméje megzavarodott férje halála után.
Magyarország kormányzója (1851-60), Albrecht főherceg lányának, Habsburg Matildnak 18 éves korában egy égő cigaretta okozta a halálát. Állítólag félve a dohányzás miatti büntetéstől a háta mögé rejtette a kezét, de az égő dohánytól a ruhája lángra kapott. Súlyos égési sérüléseibe néhány nap múlva belehalt. Albrecht testvére, Habsburg- Tescheni Vilmos Ferenc Károly, 1894-ben 67 évesen halt meg, miután a lova ledobta magáról és súlyos fejsérülést szenvedett.
Rudolf halála után a Habsburgok toszkán ágához tartozó János Szalvátor főherceg lemondott rangjáról és felvette az Orth János nevet. A herceg Rudolfhoz hasonló liberális nézeteket vallott, és jó barátságban volt a trónörökössel. Miután János lemondott előjogairól feleségül vette szeretőjét, egy balett táncost, és hajóskapitány lett. Vásárolt egy gőzhajót, amivel világkörüli útra indult feleségével együtt 1890-ben. A hajó eltűnt, valószínűleg elsüllyedt. Sem a hajó maradványait, sem holttesteket nem találtak. 1911-ben nyilvánították halottá. Édesanyja nem hitte el fia halál hírét, és nem is gyászolta. Később János Szalvátor haláláról is felröppent, hogy nem baleset történt, hanem szándékosan sülyesztették el a hajóját. Emellett az is, hogy mégsem halt meg, hanem egy norvég matróz személyazonosságával élt tovább. Ezek a feltételezések nem igazolódtak be.
Habsburg- Lotaringiai László főherceg, Ferenc József unokatestvére 20 éves korában vadászbaleset következtében halt meg, Véletlenül lőtte meg magát, vérmérgezést kapott. Húga, Klotild 19 éves korában halt meg megfázás következtében 1903-ban. Egyesek szerint megmérgezték. Első testvérük Erzsébet kisbaba korában halt meg.
Erzsébet királynő húga, Zsófia Sarolta 1897 májusában halt meg, amikor a Párizsban lévő Domonkos rend által fenntartott kórház javára jótékonysági vásárt rendeztek. Tűz keletkezett, Zsófia pedig segített a mentésben, de olyan súlyos sérüléseket szenvedett, hogy végül belehalt.
Ferenc Ferdinánd osztrák-magyar trónörököst és feleségét Szarajevóban lőtte le Gavrilo Princip szerb diák. Ez vezetett az 1. világháború kirobbanásához.
Ferenc József feleségét, Erzsébetet 1898. szeptember 10.-én szúrta le Luigi Lucheni anarchista. A legenda szerint Ferenc József családján az aradi vértanúk kivégzése miatt átok ült, és annyi tagjának kellett kihalnia belőle, ahányat ő kivégeztetett Aradon.
